Prologo

Sono passati tre anni dalla caduta di Meteor, che ha lasciato una profonda cicatrice sul pianeta. La terra, una volta verdeggiante, si è avvizzita, e la radiante luce del Mako è svanita. Il fatidico giorno della caduta di Meteor non può essere dimenticato da coloro che lo hanno vissuto in prima persona.
Tuttavia, nonostante la tragedia, la gente sta facendo del suo meglio per aiutarsi reciprocamente e il mondo sta cominciando lentamente a risollevarsi dalla decadenza e dalla disperazione.
Proprio mentre le cose sembrano stabilizzarsi, un evento sinistro sconvolge la cittadina di Junon. Nel corso di una sola notte, un vasto numero di persone svanisce senza lasciare tracce. La notizia di questa sparizione di massa si sparge in men che non si dica per tutto il globo, dando origine a speculazione di ogni tipo.
Quasi contemporaneamente, si comincia a vociferare che nella città di Edge, di notte, si sentano urla terrificanti provenire dalla direzione di Midgar.
Durante l’attacco di Meteor, era stata Midgar a subire i danni più gravi e non era più ritenuta un posto vivibile. Dopo il ritrovamento di alcuni documenti, tuttavia, si era giunti a credere che molte persone si trovassero ancora nella città. Troupe televisive e organizzazioni di volontari avevano mandato squadre di soccorso, ma nessuna aveva fatto più ritorno.
Anche Kalm, situata a est di Midgar, aveva subito danni ingenti durante la caduta di Meteor, ma si era ripresa grazie ai notevoli sforzi della sua gente. Erano in programma grandi festeggiamenti.
Vincent Valentine viene invitato alle celebrazioni da Reeve Tuesti, un vecchio compagno che aveva combattuto al suo fianco tre anni prima, nella lotta contro Sephiroth.
I partecipanti riempiono le strade in festa e le celebrazioni avvolgono la città ma, improvvisamente, un misterioso gruppo di soldti attacca senza pietà. La gente viene uccisa o catturata da questi invasori sconosciuti. Vincent, testimone della tragedia, si lancia nella mischia. Ciò di cui non è a conoscenza è che quei soldati stanno cercando anche lui.